1949年9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》。根据该法第十八条的规定，中央人民政府政务院秘书厅于1949年9月设立。1954年9月，第一届全国人民代表大会第一次会议在北京召开，会议通过了《中华人民共和国宪法》和《中华人民共和国国务院组织法》，成立中华人民共和国国务院，国务院设置国务院秘书厅。
1970年6月，国务院秘书厅调整为国务院办公室，仍由秘书长领导。1980年5月，正式组建国务院办公厅。
2018年3月17日，第十三届全国人民代表大会第一次会议通过《第十三届全国人民代表大会第一次会议关于国务院机构改革方案的决定》，批准《国务院机构改革方案》。方案规定：“将……国务院办公厅的应急管理职责，……组建应急管理部，作为国务院组成部门。……”[3][4][5]2018年9月13日，《中共中央办公厅 国务院办公厅关于调整国务院办公厅职责机构编制的通知》称，“国务院办公厅应急管理职责划入应急管理部，不再保留国务院应急管理办公室”[6]。
2020年10月17日，第十三届全国人大常委会第二十二次会议通过关于修改《中华人民共和国国旗法》《中华人民共和国国徽法》的决定，规定国务院办公厅统筹协调全国范围内国旗和国徽管理有关工作[7][8]。
2020年12月28日，国务院办公厅印发《国务院办公厅关于进一步优化地方政务服务便民热线的指导意见》（国办发〔2020〕53号），规定国务院办公厅负责全国政务服务便民热线工作的统筹协调，指导督促各地区优化政务服务便民热线工作。各级政府办公厅（室）牵头负责本地区的政务服务便民热线优化工作[9]。